خلف العلامة الميرزا يحيى : 1 . الميرزا هاشم الشفيعي وهو من الخطّاطين المهرة . كتب رسالة السير والسلوك المنسوبة إلي الآقا محمد البيدآبادي بالنستعليق المنكسر في 1391 وطبعت . توفّى 4 شعبان 1351 ودفن عند والده العلامة . 2 . الميرزا حسين ، والد : الميرزا أبو القاسم ( م : 1402 ) والميرزا محمود ( م : 1410 ) . كانا من الفضلاء الأخيار ، وقد بنيا مسجداً بأصفهان يعرف بمسجد الشفيعى . وصاهره على بنته : الشيخ محمد حسين المولوي الخوانساري ( المتوفى سلخ شعبان 1366 ) والد الشيخ جمال الدين معارف پرور ، وعبد المولى المولوي . وقد كان من الفضلاء الكاملين ، وطبع بسعيه وسعى والده الملا محمد بن علي الخوانساري كثيراً من الكتب العلمية ، ومنها مجلدات من جواهر الكلام . وله تفسير المولوي وهو خلاصة من عدة تفاسير ، طبع في هامش القرآن الكريم في حياته وبعد وفاته . وكان مشغولًا بتصحيح الكتب حتى في أيامه الأخيرة ، فقد كتب في هامش القرآن الكريم المطبوع بسعيه مع ملحقات وحواشي كثيرة أنّة كتبها في سنّ الخامس والثمانين مع ضعف الأعصاب وارتعاش اليد وقلة الباصرة . . . . هوامش القرآن الكريم بخط المولوي الخوانساري المكتوب في 85 من عمره